Algorithmen in der Sequenzanalyse - Vorlesungsmaterial

Im folgenden finden Sie die Aufzeichnungen der Vorlesungen¹⁾ und die verwendeten Folien. Diese Materialen sind nur für ihren persönlichen Gebrauch vorgesehen! Eine Weiterverbreitung - auch in Auszügen - ist ohne explizite Zustimmung untersagt!

1. Vorlesung 1 - Biologische Grundlagen:

   Vorlesung 1 - Einführung

2. Vorlesung 2 - Hochdurchsatz-Sequenzierung von DNA

   Vorlesung 2 - DNA Sequenzierung

3. Vorlesung 3 - Whole Genome Shotgun Sequencing - Grundlagen

   Vorlesung 3 - Whole Genome Shotgun Sequencing - Grundlagen

4. Vorlesung 4 - Whole Genome Shotgun Sequencing - Velvet

   Vorlesung 4 - Whole Genome Shotgun Sequencing - Velvet

5. Vorlesung 5a - Short read mapping Teil 1

   Short read mapping Teil 1

6. Vorlesung 5b - Short read mapping Teil 2

   Short read mapping Teil 2

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7. Vorlesung 6 - RNAseq and splice-aware mapping

   RNA seq and splice-aware mapping

8. Vorlesung 7 - Alignments

   Alignment

9. Vorlesung 8 - Models and pHMMs

   pHMMs

10. Vorlesung 9 - pHMM and Dirchilet mixtures

    pHMMs

11. Vorlesung 10 - Simulation of sequence evolution and Phylogenetic tree reconstruction

    pHMMs

1. Vorlesung 1 - Einführung
2. Vorlesung 2 - DNA Sequenzierung im Hochdurchsatz
3. Vorlesung 3 - De novo assembly - Grundlagen
4. Vorlesung 4 - de-novo assembly with Velvet
5. Vorlesung 5 - Short read mapping
6. Vorlesung 6 - RNAseq and splice-aware mapping
7. Vorlesung 7 - Alignments
8. Vorlesung 8 - Models and pHMMs
9. Vorlesung 9 - pHMMs and Dirichlet Mixtures
10. Vorlesung 9 - Simulation of Seq. Evolution / Algorithms in phylogenetic tree reconstruction