====== Algorithmen in der Sequenzanalyse - Vorlesungsmaterial ======

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Video zur Vorlesung 7 - Alignment
{{ :asa:2022:asa_lecture-7.mp4 |}}
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Im folgenden finden Sie die Aufzeichnungen der Vorlesungen((Manchmal hilft es die Grundlagen ein wenig aufzufrischen. Entsprechend haben wir auch den Link der Grundlagenvorlesung angefügt)) und die verwendeten Folien. Diese Materialen sind nur für ihren persönlichen Gebrauch vorgesehen! Eine Weiterverbreitung - auch in Auszügen - ist ohne explizite Zustimmung untersagt!

===== Veranstaltung 2021 =====
   - Vorlesung 1 - Biologische Grundlagen: <WRAP box>{{ :asa:lecture:stream:asa2021-v1.mp4 |Vorlesung 1 - Einführung}}</WRAP>
   - Vorlesung 2 - Hochdurchsatz-Sequenzierung von DNA <WRAP box>{{ :asa:2021:lecture:video:asa2021-v2.mp4 |Vorlesung 2 - DNA Sequenzierung}}</WRAP>
   - Vorlesung 3 - Whole Genome Shotgun Sequencing - Grundlagen <WRAP box>{{ :asa:2021:lecture:video:asa2021-v3.mp4 |Vorlesung 3 - Whole Genome Shotgun Sequencing - Grundlagen}}</WRAP>
   - Vorlesung 4 - Whole Genome Shotgun Sequencing - Velvet <WRAP box>{{ :asa:2021:lecture:video:asa2021-v4.mp4 |Vorlesung 4 - Whole Genome Shotgun Sequencing - Velvet}}</WRAP>
   - Vorlesung 5a - Short read mapping Teil 1 <WRAP box>{{ https://electure-ms.studiumdigitale.uni-frankfurt.de/vod/clips/ypPCyAaqZb/quicktime.mp4 |Short read mapping Teil 1}}</WRAP>
   - Vorlesung 5b - Short read mapping Teil 2 <WRAP box>{{ https://electure-ms.studiumdigitale.uni-frankfurt.de/vod/clips/kZ4ZoBux70/quicktime.mp4 |Short read mapping Teil 2}}</WRAP><WRAP Important>
In case the links don't work, you can try going directly to the [[http://electure.uni-frankfurt.de/index.php?cat=1&videolist=1161|Studium Digitale website]]. You will need to login there with your student account</WRAP>
   - Vorlesung 6 - RNAseq and splice-aware mapping <WRAP box>{{ :asa:2021:lecture:video:asa2021-v6.mp4 |RNA seq and splice-aware mapping}}</WRAP>
   - Vorlesung 7 - Alignments <WRAP box>{{ :asa:2021:lecture:video:asa2021-v7.mp4 |Alignment}}</WRAP>
   - Vorlesung 8 - Models and pHMMs <WRAP box>{{ :asa:2021:lecture:video:asa2021-v8-pHMMs.mp4 |pHMMs}}</WRAP>
   - Vorlesung 9 - pHMM and Dirchilet mixtures <WRAP box>{{ :asa:2021:lecture:video:asa2021-V09.mp4 |pHMMs}}</WRAP>
   - Vorlesung 10 - Simulation of sequence evolution and Phylogenetic tree reconstruction <WRAP box>{{ :asa:2021:lecture:video:asa2021-V10.mp4 |pHMMs}}</WRAP>
   - Vorlesung 11 - Algorithms in orthology assignment <WRAP box>{{ :asa:2021:lecture:video:asa2021-V11.mp4 |Orthology}}</WRAP>
===== Vorlesungsfolien =====

  - {{:asa:lecture:slides:asa_lecture1-intro.pdf|Vorlesung 1 - Einführung}}
  - {{ :asa:2021:lecture:slides:asa_lecture2-ngs.pdf |Vorlesung 2 - DNA Sequenzierung im Hochdurchsatz}}
  - {{ :asa:2021:lecture:slides:asa_lecture3_denovo-assembly.pdf |Vorlesung 3 - De novo assembly - Grundlagen}}
  - {{ :asa:2021:lecture:asa_lecture4-velvet.pdf |Vorlesung 4 - de-novo assembly with Velvet}}
  - {{:wiki:2019:asa_lecture5_mapping.pdf|Vorlesung 5 - Short read mapping}}
  - {{ :asa:2021:lecture:slides:asa_lecture6-rnaseq.pdf |Vorlesung 6 - RNAseq and splice-aware mapping}}
  - {{ :asa:2021:lecture:slides:asa_lecture7-alignment.pdf |Vorlesung 7 - Alignments}}
  - {{ :asa:2021:lecture:slides:asa_lecture8-models.pdf |Vorlesung 8 - Models and pHMMs}}
  - {{ :asa:2021:lecture:slides:asa_lecture9-dirichlet.pdf |Vorlesung 9 - pHMMs and Dirichlet Mixtures}}
  - {{ :asa:2021:lecture:slides:asa_lecture10_trees.pdf|Vorlesung 10 - Simulation of Seq. Evolution / Algorithms in phylogenetic tree reconstruction}}
  - {{ :asa:2021:lecture:slides:asa_lecture11-orthology.pdf|Vorlesung 11 - Algorithms in Orthology Assignments}}
/*     - {{:wiki:2019:asa_lecture6_rnaseq_alternativesplicing.pdf|Vorlesung 6 - RNA seq analysis}}
   - {{:wiki:2019:asa_lecture7-alignment.pdf|Vorlesung 7 - Alignment}}
   - {{:wiki:2019:asa_lecture8-models.pdf|Vorlesung 8 - Modelle}}
   - {{:wiki:2019:asa_lecture9-dirichlet.pdf|Vorlesung 9 - pHMMs and Dirichlet Mixtures}}
   - {{:wiki:2019:asa2018_lecture10-SeqEvol.pdf|Vorlesung 10 - Sequence evolution and Phylogenies}}
   - {{:wiki:2019:asa_lecture11_Trees2.pdf|Vorlesung 11 - Phylogeny reconstruction - Tree search}}
   - {{ :wiki:2019:asa_lecture12-orthology.pptx |Vorlesung 12 - Of gene and species trees - the concepts of orthology and paralogy}}

*/

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