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compgenomics [2025/05/16 14:44] – [Introduction] ingocompgenomics [2025/05/16 15:15] (current) – ↷ Links adapted because of a move operation ingo
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 ===== Comparative genomics course ===== ===== Comparative genomics course =====
  
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 ==== Introduction ==== ==== Introduction ====
 Die phänotypischen Besonderheiten heute existierender Arten werden im überwiegenden Maße Die phänotypischen Besonderheiten heute existierender Arten werden im überwiegenden Maße
 durch die Gene bestimmt, die in ihren Genomen kodiert sind. Über Jahrzehnte waren durch die Gene bestimmt, die in ihren Genomen kodiert sind. Über Jahrzehnte waren
 experimentellen Studien in einzelnen Modellorganismen die einzige Antwort auf Fragen darüber, experimentellen Studien in einzelnen Modellorganismen die einzige Antwort auf Fragen darüber,
-wie der Genotyp den Phänotyp bestimmt. Fortschrie in der Sequenzierungstechnologie haben es+wie der Genotyp den Phänotyp bestimmt. Fortschritte in der Sequenzierungstechnologie haben es
 möglich gemacht, selbst komplexe Genome innerhalb von Tagen bis Wochen zu entschlüsseln. So möglich gemacht, selbst komplexe Genome innerhalb von Tagen bis Wochen zu entschlüsseln. So
 können komparative Ansätze auf Genomsequenzen in öffentlichen Datenbanken zunehmend können komparative Ansätze auf Genomsequenzen in öffentlichen Datenbanken zunehmend
 Zusammenhänge zwischen Genotyp und Phänotyp im gesamten »Tree of Life« aufdecken. Wegen Zusammenhänge zwischen Genotyp und Phänotyp im gesamten »Tree of Life« aufdecken. Wegen
-der leichten Verügbarkeit von Genomen halten diese Methoden nun Einzug in die+der leichten Verfügbarkeit von Genomen halten diese Methoden nun Einzug in die
 verschiedensten Forschungsrichtungen, von der klassischen Taxonomie über evolutionsbiologische verschiedensten Forschungsrichtungen, von der klassischen Taxonomie über evolutionsbiologische
 Fragestellungen bis hin zu funktionellen Studien einzelner Gene, die z.B. an metabolischen Fragestellungen bis hin zu funktionellen Studien einzelner Gene, die z.B. an metabolischen
-Prozessen beteiligt sind. Allerdings hat die Vermilung grundlegender Konzepte und Methoden+Prozessen beteiligt sind. Allerdings hat die Vermittlung grundlegender Konzepte und Methoden
 der Genom-weiten Datenanalyse, bioinformatischen Ansätze und evolutionsbiologischer Konzepte der Genom-weiten Datenanalyse, bioinformatischen Ansätze und evolutionsbiologischer Konzepte
-nicht im gleichen Maße Schri gehalten. In diesem Workshop werden wir versuchen, diese Lücke+nicht im gleichen Maße Schritt gehalten. In diesem Workshop werden wir versuchen, diese Lücke
 zu schließen. Anhand eines Beispiel-Datensatzes werden wir betrachten, wie (i) unterschiedliche zu schließen. Anhand eines Beispiel-Datensatzes werden wir betrachten, wie (i) unterschiedliche
 Arten in einem phylogenetischen Baum anzuordnen sind, wie man (ii) entlang dieser Phylogenie Arten in einem phylogenetischen Baum anzuordnen sind, wie man (ii) entlang dieser Phylogenie
 Gene über Arten hinweg und rückwärts in der Zeit nachverfolgen kann, (iii) welche Aspekte zu Gene über Arten hinweg und rückwärts in der Zeit nachverfolgen kann, (iii) welche Aspekte zu
 beachten sind, um vom Vorhandensein eines Gens Rückschlüsse auf seine Aktivität ziehen zu beachten sind, um vom Vorhandensein eines Gens Rückschlüsse auf seine Aktivität ziehen zu
-können, und wie man (iv) die Daten visualisiert. Damit legen wir den Grundstein ür ein +können, und wie man (iv) die Daten visualisiert. Damit legen wir den Grundstein für ein 
-zuküniges informiertes Arbeiten mit genom-weiten Datensätzen.+zukünftiges informiertes Arbeiten mit genom-weiten Datensätzen. 
  
 +===== Workflow =====
 +{{ compgenomics:figures:vergleichende_genomik.png?600 |}}
 +{{ compgenomics:figures:vergleichende_genomik.pdf |PDF}}
 ==== Modules ==== ==== Modules ====