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| compgenomics [2025/05/16 06:40] – [Module] felix | compgenomics [2025/05/16 15:15] (current) – ↷ Links adapted because of a move operation ingo | ||
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| - | ===== Einführung in die vergleichende Genomik | + | ===== Comparative genomics course |
| - | + | {{ compgenomics: | |
| - | ==== Einleitung | + | ==== Introduction |
| - | + | Die phänotypischen Besonderheiten heute existierender Arten werden im überwiegenden Maße | |
| - | * text hier | + | durch die Gene bestimmt, die in ihren Genomen kodiert sind. Über Jahrzehnte waren |
| + | experimentellen Studien in einzelnen Modellorganismen die einzige Antwort auf Fragen darüber, | ||
| + | wie der Genotyp den Phänotyp bestimmt. Fortschritte in der Sequenzierungstechnologie haben es | ||
| + | möglich gemacht, selbst komplexe Genome innerhalb von Tagen bis Wochen zu entschlüsseln. So | ||
| + | können komparative Ansätze auf Genomsequenzen in öffentlichen Datenbanken zunehmend | ||
| + | Zusammenhänge zwischen Genotyp und Phänotyp im gesamten »Tree of Life« aufdecken. Wegen | ||
| + | der leichten Verfügbarkeit von Genomen halten diese Methoden nun Einzug in die | ||
| + | verschiedensten Forschungsrichtungen, | ||
| + | Fragestellungen bis hin zu funktionellen Studien einzelner Gene, die z.B. an metabolischen | ||
| + | Prozessen beteiligt sind. Allerdings hat die Vermittlung grundlegender Konzepte und Methoden | ||
| + | der Genom-weiten Datenanalyse, | ||
| + | nicht im gleichen Maße Schritt gehalten. In diesem Workshop werden wir versuchen, diese Lücke | ||
| + | zu schließen. Anhand eines Beispiel-Datensatzes werden wir betrachten, wie (i) unterschiedliche | ||
| + | Arten in einem phylogenetischen Baum anzuordnen sind, wie man (ii) entlang dieser Phylogenie | ||
| + | Gene über Arten hinweg und rückwärts in der Zeit nachverfolgen kann, (iii) welche Aspekte zu | ||
| + | beachten sind, um vom Vorhandensein eines Gens Rückschlüsse auf seine Aktivität ziehen zu | ||
| + | können, und wie man (iv) die Daten visualisiert. Damit legen wir den Grundstein für ein | ||
| + | zukünftiges informiertes Arbeiten mit genom-weiten Datensätzen. | ||
| + | ===== Workflow ===== | ||
| + | {{ compgenomics: | ||
| + | {{ compgenomics: | ||
| ==== Modules ==== | ==== Modules ==== | ||