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compgenomics [2025/05/16 06:38] – created felixcompgenomics [2025/05/16 15:15] (current) – ↷ Links adapted because of a move operation ingo
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-===== Einführung in die vergleichende Genomik =====+===== Comparative genomics course =====
  
 +{{ compgenomics:figures:workshop-intro.png?600 |}}
 +==== Introduction ====
 +Die phänotypischen Besonderheiten heute existierender Arten werden im überwiegenden Maße
 +durch die Gene bestimmt, die in ihren Genomen kodiert sind. Über Jahrzehnte waren
 +experimentellen Studien in einzelnen Modellorganismen die einzige Antwort auf Fragen darüber,
 +wie der Genotyp den Phänotyp bestimmt. Fortschritte in der Sequenzierungstechnologie haben es
 +möglich gemacht, selbst komplexe Genome innerhalb von Tagen bis Wochen zu entschlüsseln. So
 +können komparative Ansätze auf Genomsequenzen in öffentlichen Datenbanken zunehmend
 +Zusammenhänge zwischen Genotyp und Phänotyp im gesamten »Tree of Life« aufdecken. Wegen
 +der leichten Verfügbarkeit von Genomen halten diese Methoden nun Einzug in die
 +verschiedensten Forschungsrichtungen, von der klassischen Taxonomie über evolutionsbiologische
 +Fragestellungen bis hin zu funktionellen Studien einzelner Gene, die z.B. an metabolischen
 +Prozessen beteiligt sind. Allerdings hat die Vermittlung grundlegender Konzepte und Methoden
 +der Genom-weiten Datenanalyse, bioinformatischen Ansätze und evolutionsbiologischer Konzepte
 +nicht im gleichen Maße Schritt gehalten. In diesem Workshop werden wir versuchen, diese Lücke
 +zu schließen. Anhand eines Beispiel-Datensatzes werden wir betrachten, wie (i) unterschiedliche
 +Arten in einem phylogenetischen Baum anzuordnen sind, wie man (ii) entlang dieser Phylogenie
 +Gene über Arten hinweg und rückwärts in der Zeit nachverfolgen kann, (iii) welche Aspekte zu
 +beachten sind, um vom Vorhandensein eines Gens Rückschlüsse auf seine Aktivität ziehen zu
 +können, und wie man (iv) die Daten visualisiert. Damit legen wir den Grundstein für ein
 +zukünftiges informiertes Arbeiten mit genom-weiten Datensätzen.
  
-==== Einleitung ==== 
  
-  * text hier+===== Workflow ===== 
 +{{ compgenomics:figures:vergleichende_genomik.png?600 |}} 
 +{{ compgenomics:figures:vergleichende_genomik.pdf |PDF}} 
 +==== Modules ====
  
- +  * [[compgenomics:modul1|Module 1: Datasets]] 
-==== Module ==== +  * [[compgenomics:modul2|Module 2: Finding "corresponding" genes]] 
- +  * [[compgenomics:modul3|Module 3: Reconstructing evolutionary history]] 
-  * [[compgenomics:modul1|Modul 1: Die Datengrundlage]] +  * [[compgenomics:modul4|Module 4: From gene presence to function]] 
-  * [[compgenomics:modul2|Modul 2: Das Finden von "korrespondierenden" Gene]] +  * [[compgenomics:modul5|Module 5: Biodiverse genome assemblies]]
-  * [[compgenomics:modul3|Modul 3: Die evolutionäre Geschichte eines Gens]] +
-  * [[compgenomics:modul4|Modul 4: Aufgrund eines Genes auf die Anwesenheit einer Funktion schließen]] +
-  * [[compgenomics:modul5|Modul 5: Biodiverse Genom-Assemblies]]+