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asa:lecture [2021/05/27 11:45] – [Veranstaltung 2021] ingoasa:lecture [2022/08/01 15:42] (current) – ingo
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 ====== Algorithmen in der Sequenzanalyse - Vorlesungsmaterial ====== ====== Algorithmen in der Sequenzanalyse - Vorlesungsmaterial ======
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 +<WRAP round box>
 +Video zur Vorlesung 7 - Alignment
 +{{ :asa:2022:asa_lecture-7.mp4 |}}
 +</WRAP>
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 Im folgenden finden Sie die Aufzeichnungen der Vorlesungen((Manchmal hilft es die Grundlagen ein wenig aufzufrischen. Entsprechend haben wir auch den Link der Grundlagenvorlesung angefügt)) und die verwendeten Folien. Diese Materialen sind nur für ihren persönlichen Gebrauch vorgesehen! Eine Weiterverbreitung - auch in Auszügen - ist ohne explizite Zustimmung untersagt! Im folgenden finden Sie die Aufzeichnungen der Vorlesungen((Manchmal hilft es die Grundlagen ein wenig aufzufrischen. Entsprechend haben wir auch den Link der Grundlagenvorlesung angefügt)) und die verwendeten Folien. Diese Materialen sind nur für ihren persönlichen Gebrauch vorgesehen! Eine Weiterverbreitung - auch in Auszügen - ist ohne explizite Zustimmung untersagt!
  
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    - Vorlesung 5b - Short read mapping Teil 2 <WRAP box>{{ https://electure-ms.studiumdigitale.uni-frankfurt.de/vod/clips/kZ4ZoBux70/quicktime.mp4 |Short read mapping Teil 2}}</WRAP><WRAP Important>    - Vorlesung 5b - Short read mapping Teil 2 <WRAP box>{{ https://electure-ms.studiumdigitale.uni-frankfurt.de/vod/clips/kZ4ZoBux70/quicktime.mp4 |Short read mapping Teil 2}}</WRAP><WRAP Important>
 In case the links don't work, you can try going directly to the [[http://electure.uni-frankfurt.de/index.php?cat=1&videolist=1161|Studium Digitale website]]. You will need to login there with your student account</WRAP> In case the links don't work, you can try going directly to the [[http://electure.uni-frankfurt.de/index.php?cat=1&videolist=1161|Studium Digitale website]]. You will need to login there with your student account</WRAP>
-   - Vorlesung 6 - RNAseq and splice-aware mapping <WRAP box>{{:asa:2021:lecture:video:asa2021-v6.mp4|RNAseq and Spice-aware mapping}}</WRAP>+   - Vorlesung 6 - RNAseq and splice-aware mapping <WRAP box>{{ :asa:2021:lecture:video:asa2021-v6.mp4 |RNA seq and splice-aware mapping}}</WRAP> 
 +   - Vorlesung 7 - Alignments <WRAP box>{{ :asa:2021:lecture:video:asa2021-v7.mp4 |Alignment}}</WRAP> 
 +   - Vorlesung 8 - Models and pHMMs <WRAP box>{{ :asa:2021:lecture:video:asa2021-v8-pHMMs.mp4 |pHMMs}}</WRAP> 
 +   - Vorlesung 9 - pHMM and Dirchilet mixtures <WRAP box>{{ :asa:2021:lecture:video:asa2021-V09.mp4 |pHMMs}}</WRAP> 
 +   - Vorlesung 10 - Simulation of sequence evolution and Phylogenetic tree reconstruction <WRAP box>{{ :asa:2021:lecture:video:asa2021-V10.mp4 |pHMMs}}</WRAP> 
 +   - Vorlesung 11 - Algorithms in orthology assignment <WRAP box>{{ :asa:2021:lecture:video:asa2021-V11.mp4 |Orthology}}</WRAP>
 ===== Vorlesungsfolien ===== ===== Vorlesungsfolien =====
  
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   - {{ :asa:2021:lecture:asa_lecture4-velvet.pdf |Vorlesung 4 - de-novo assembly with Velvet}}   - {{ :asa:2021:lecture:asa_lecture4-velvet.pdf |Vorlesung 4 - de-novo assembly with Velvet}}
   - {{:wiki:2019:asa_lecture5_mapping.pdf|Vorlesung 5 - Short read mapping}}   - {{:wiki:2019:asa_lecture5_mapping.pdf|Vorlesung 5 - Short read mapping}}
-  - {{ :asa:2021:lecture:slides:asa_lecture6-rnaseq.pdf |Vorlesung 6 - RNAseq}}+  - {{ :asa:2021:lecture:slides:asa_lecture6-rnaseq.pdf |Vorlesung 6 - RNAseq and splice-aware mapping}} 
 +  - {{ :asa:2021:lecture:slides:asa_lecture7-alignment.pdf |Vorlesung 7 - Alignments}} 
 +  - {{ :asa:2021:lecture:slides:asa_lecture8-models.pdf |Vorlesung 8 - Models and pHMMs}} 
 +  - {{ :asa:2021:lecture:slides:asa_lecture9-dirichlet.pdf |Vorlesung 9 - pHMMs and Dirichlet Mixtures}} 
 +  - {{ :asa:2021:lecture:slides:asa_lecture10_trees.pdf|Vorlesung 10 - Simulation of Seq. Evolution / Algorithms in phylogenetic tree reconstruction}} 
 +  - {{ :asa:2021:lecture:slides:asa_lecture11-orthology.pdf|Vorlesung 11 - Algorithms in Orthology Assignments}}
 /*     - {{:wiki:2019:asa_lecture6_rnaseq_alternativesplicing.pdf|Vorlesung 6 - RNA seq analysis}} /*     - {{:wiki:2019:asa_lecture6_rnaseq_alternativesplicing.pdf|Vorlesung 6 - RNA seq analysis}}
    - {{:wiki:2019:asa_lecture7-alignment.pdf|Vorlesung 7 - Alignment}}    - {{:wiki:2019:asa_lecture7-alignment.pdf|Vorlesung 7 - Alignment}}
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